این مرکز تنها نهاد بین المللی متولی مسایل آبی در منطقه است که جلسات شورای حکام آن در سطح وزرا و به ریاست وزیر نیروی جمهوری اسلامی ایران تشکیل شده و می‌تواند نقش بسزایی در پیگیری منافع ملی در حوزه دیپلماسی آب، رودخانه‌های مرزی و منابع آب مشترک و توسعه و صدور خدمات فنی و مهندسی و انتقال فناوری‌های مورد نیاز کشور داشته باشد.
همچنین این مرکز می تواند نقش موثری در توسعه مراودات با کشورهای عضو شورای حکام به منظور انجام رایزنی های مختلف و ایجاد زمینه تعریف و انجام پروژه های مشترک و آموزش و ظرفیت‌سازی نیروی انسانی داشته باشد.
فعالیت‌های مرکز، توسط شورای حکام آن به عنوان بالاترین مرجع تصمیم‌گیری، راهبری و نظارت می‌شود و اعضای آن برای دوره ۲۰۱۹ الی ۲۰۲۴، متشکل از وزرای حوزه آب ۱۸ کشور شامل ایران، جمهوری آذربایجان، آلمان، ارمنستان، ازبکستان، افغانستان، بنگلادش، پاکستان، تاجیکستان، ترکیه، سریلانکا، سوریه، عراق، عمان، قطر، لبنان، مصر و هند و همچنین نمایندگان ۱۰ سازمان بین‌المللی مرتبط شامل یونسکو، برخی نهادهای وابسته به سازمان ملل متحد، بانک‌های توسعه ای و نهادهای تخصصی هستند.
۱۲ اجلاس شورای حکام از بدو تأسیس مرکز تاکنون برگزار شده است، با این توضیح که دو اجلاس گذشته به دلیل همه‌گیری کرونا در مهر ۱۳۹۹ و خرداد ۱۴۰۰ به صورت مجازی برگزار شد. همچنین آخرین اجلاس حضوری قبلی در آذر ۱۳۹۸ در تهران با حضور وزرا و مقام‌های ارشد آب کشورهای عضو شورای حکام مرکز برگزار شد.
سیزدهمین اجلاس شورای حکام مرکز قرار است روز پنجشنبه (چهارم اسفند ماه) سال جاری به ریاست وزیر نیرو و با حضور مقام های عالی‌رتبه کشورهای مذکور و نیز سازمان‌های بین‌المللی مرتبط به صورت حضوری در تهران برگزار شود.
هدف از برگزاری این اجلاس، بحث و بررسی چگونگی همکاری و مشارکت کشورهای عضو در برنامه‌های مرکز و نیز بررسی و تصویب طرح‌های آموزش و ظرفیت سازی و تحقیقاتی در سطح منطقه است.
یکی دیگر از اهداف این اجلاس، استفاده از ظرفیت مرکز منطقه‌ای مدیریت آب شهری (تحت پوشش یونسکو) به عنوان یک نهاد بی طرف برای گسترش همکاری‌های آبی در سطح منطقه است. از اهم مواردی که در این اجلاس بررسی می‌شود می‌توان به انجام پروژه‌های مشترک و انتقال تجربیات در زمینه پایش و پیش‌بینی خشکسالی در سطح منطقه، سازگاری با تغییر اقلیم، حکمرانی آب، مدیریت آب شهری، فناوری‌های نوین در صنعت آب و فاضلاب و استفاده از ظرفیت آب‌های نامتعارف اشاره کرد.
