او در سال ۱۳۲۸ در رشته باستان‌شناسی از دانشکده ادبیات دانشگاه تهران فارغ‌التحصیل شد. در سال ۱۳۲۹، وارد مؤسسه شرق‌شناسی دانشگاه شیکاگو شد و در مدت چهارسال مدرک فوق لیسانس این دانشکده را از آن خود کرد. طی این سال‌ها با راهنمایی رونالد مک‌کان به بررسی سیر سفال نخودی‌رنگ در منطقه خوزستان پرداخت و اطلاعات بسیاری در این زمینه جمع‌آوری کرد که حاصل آن را در نهایت در رساله خود تدوین کرد. دوران تحصیلات وی در شیکاگو مصادف بود با اوضاع آشفته سیاسی دوران دکتر محمد مصدق که منجر به قطع کمک مالی به وی از ایران شد. بنابراین، او برای تأمین مخارج زندگانی مدتی به عکاسی از کودکان پرداخت.
ایشان در ۱۳۴۵هـ .ش دکترای افتخاری از دانشگاه تهران دریافت کرد.
پس از بازگشت از آمريكا در سال 1336 به سمت دانشيار رشته باستان شناسي ، در دانشكده ادبيات دانشگاه تهران استخدام شد . در سال 1338 موفق به تاسيس موسسه باستان شناسي در دانشگاه تهران شد . نگهبان علاوه بر مشاغل دانشگاهي ، به مشاغل ديگري نيز همچون معاون فني اداره كل باستان شناسي ، مشاور فني وزارت فرهنگ ايران ، مشاور عالي سازمان ملي حفاظت آثار باستاني ايران و ... منصوب گرديد . او با اخذ دکترای افتخاری از دانشگاه تهران در ۱۳۴۵هـ .ش به درجه استادی ارتقاء یافت. دکتر نگهبان در سال 1357 بازنشسته شد.
دکتر نگهبان پس از بازنشستگی، به فیلادلفیای امریکا رفت و به چاپ گزارش نهایی فعالیت‌های باستان شناختی خود مشغول شد. مدتی در بخش موزه دانشگاه پنسیلوانیا به کار پرداخت. او در طول حیات خود جوایز و نشان‌های متعددی دریافت کرد که از آن جمله می‌توان به بزرگ‌ترین جایزه فرهنگی باستان شناسی از سوی سازمان میراث فرهنگی در اردیبهشت هـ . ش۱۳۷۷ به مناسبت افتتاح نمایشگاه گنجینه مارلیک در موزه ملی ایران اشاره کرد. از کارهای ماندگار وی در زمینه باستان‌شناسی حفاری‌های وی در مارلیک و هفت تپه بود. نخستین کاوش‌هایی که او درباره تاریخ ایلام میانه انجام داد و نیز تحقیقاتش راجع به فرهنگ‌های هزاره اول شمال ایران (مارلیک) سبب ایجاد رشته جدیدی در تحقیقات باستان‌شناسی ایران شد.
مهم‌ترین سهم وی در پیشبرد باستان‌شناسی ایران، ایجاد کارگاه دایمی در دشت قزوین برای فعالیت‌های باستان‌شناختی دانشگاه تهران و تربیت دانشجو در این کارگاه است. او با پشتکار فراوان و روحیه خستگی‌ناپذیر، موفق به کسب مجوز و بودجه لازم برای تعمیر کاروانسرای مخروبه محمدآباد خره شد. این مکان منحصر به فرد به کانونی برای پژوهش‌های مستمر و درازمدت باستان‌شناختی دانشگاه تهران تبدیل شد که در آن دانشجویان با شرکت در انواع فعالیت‌های میدانی برای پیشبرد اهداف باستان‌شناسی در ایران تربیت می‌شدند.
دکتر نگهبان، یکی از سرسخت‌ترین مدافعان منظم‌کردن فعالیت‌های مربوط به باستان‌شناسی بوده‌است. بسیاری او را دشمن بزرگ قاچاقچیان و دلالان عتیقه در ایران می‌دانند. نگهبان در پنجمین کنگره بین‌المللی باستان‌شناسی و هنر ایران در سال ۱۳۴۷، مقاله‌ای ارائه داد و در آن ماده‌ای پیشنهاد کرد که بر اساس آن خرید و فروش اشیای باستانی به صورت غیرمجاز و از طریق قاچاق ممنوع اعلام شود و کنگره را ملزم به صدور قانونی در این زمینه کرد. وی با ارائه این مقاله، نقش اساسی در تصویب قطعنامه محکوم‌کردن قاچاق و فروش اشیای عتیقه داشت.
عزت الله نگهبان، بیشترین میزان طلا را در حفاری‌های باستان‌شناسی ایران بدست آورده‌است و کاوش‌های وی در قالب مقاله، گزارش و کتاب، همواره مورد توجه باستان‌شناسان بوده‌است.
فعالیت‌های باستان‌شناسی دکتر نگهبان باعث شده‌است تا به وی لقب پدر باستان‌شناسی ایران داده شود.
استاد باستان شناسي دانشگاه تهران
مهندس حفار اصلي در تپه مارليك در 2-1961م./ 40-1339 هـ.ش
مدير گروه باستان شناسي دانشگاه تهران (1356-1346)
موسس و رئيس موسسه باستان شناسي دانشگاه تهران (56-1336 هـ.ش)
رئيس دانشكده ادبيات و علوم انساني دانشگاه تهران (57-1354)
مشاور فني اداره باستان شناسي (1347)
عزت الله نگهبان در تاریخ ۱۶ بهمن ۱۳۸۷ كه به بيماري آلزايمر و پاركينسون نيز مبتلا بود، در آمریکا درگذشت.
