به نقل از مرکز رسانه قوه قضائیه، صندوق توسعه ملی مدیریت‌کننده و ناظر بر استفاده بهینه از منابع و ثروت ملی کشور در مسیر توسعه و پیشرفت است به نحوی که سهم آیندگان نیز در آن به بهترین شکل لحاظ شود؛ در واقع صندوق توسعه ملی با مسئولیتی که بر عهده دارد، چه در حوزه ارتقاء کمی و کیفی تولید ملی، اشتغال‌زایی، اجرای اهداف اقتصاد مقاومتی، تولید صادرات محور، توانمندسازی بخش خصوصی در قالب اصل 44 و سایر بندهای مترقی در قانون اساسی و سند چشم‌انداز و برنامه‌های توسعه، نقش‌آفرین و بسترساز است.
بحث دریافت مالیات از صندوق توسعه ملی طی سال‌های گذشته یکی از چالش‌های میان این صندوق و سازمان امور مالیاتی بوده است. اواخر سال 98 بود که دولت وقت 1800 میلیارد تومان از منابع صندوق توسعه ملی را به عنوان مالیات از این صندوق برداشت کرد که با اعتراض شدید مسئولین صندوق توسعه همراه شد.
رئیس وقت هیئت عامل صندوق توسعه ملی اخذ مالیات 1800 میلیارد تومانی از صندوق را خلاف قانون دانسته و به رئیس هیئت نظارت صندوق و دیوان محاسبات شکایت کرد. مسئولان صندوق توسعه ملی همواره استدلال می‌کنند که سود ناشی از تسعیر نرخ ارز هم جزو منابع صندوق به حساب می‌آید و چون درآمد نیست نمی‌توان از آن مالیات گرفت و از سوی دیگر تأکید مواد قانونی مختلف مبنی بر مستثنی بودن صندوق از پرداخت مالیات و لزوم باقی ماندن این سرمایه کشور برای امور مهم و آیندگان، نشان می‌دهد که نباید مالیاتی از صندوق اخذ و در امور جاری کشور هزینه شود.
براساس اساسنامه صندوق توسعه ملی، منابع ارزی ورودی به این صندوق در حساب‌های آن در بانک مرکزی نگهداری می‌شود، اما این صندوق می‌تواند معادل ریالی آن را برای پرداخت تسهیلات به سرمایه‌گذاران، در بانک‌های عامل سپرده‌گذاری کند.
در ماده 136 قانون محاسبات عمومی کشور مصوب سال 66 تأکید شده است: سود و زیان حاصل از تسعیر دارایی‌ها و بدهیهای ارزی شرکت‌های دولتی درآمد یا هزینه تلقی نمی‌شود؛ مابه‌التفاوت حاصل از تسعیر دارایی‌ها و بدهیهای مذکور باید در حساب «ذخیره تسعیر دارایی‌ها و بدهیهای ارزی» منظور شود.
در پی همین اختلافات، دادستانی کل کشور در جهت صیانت از حقوق عامه و حفظ منابع ارزشمند ملی به موضوع مذکور ورود کرد و بررسی‌های لازم در این خصوص را انجام داد. پس از انجام بررسی‌های کارشناسی، دادستان کل کشور در راستای حفظ سرمایه‌های بلند مدت، اقدامات عمرانی و توسعه بین نسلی و از آنجایی که کارکرد اصلی این صندوق ایجاد تولید و اشتغال و امور زیربنایی برای آینده کشور است و در واقع صندوق برای تامین درآمدهای مالیاتی دولت ایجاد نشده است، در نامه‌ای به وزیر امور اقتصادی و دارایی با اخذ مالیات از صندوق توسعه ملی مخالفت کرده است.
در نامه اخیر دادستان کل کشور به وزیر امور اقتصادی و دارایی آمده است: با توجه به بررسی‌های به عمل آمده وصول مالیات از صندوق توسعه ملی غیر موجه به نظر می‌رسد.
