مناطق آزاد و ویژه اقتصادی از امتیازات متعددی نظیر معافیت مالیاتی و معافیت حقوق ورودی برخوردار است و علاوه بر آن به‌موجب قانون چگونگی اداره مناطق آزاد، منابع، امکانات و اختیارات فراوانی به سازمان مناطق آزاد اعطا گردیده که با توجه به عدم تبیین سازوکار نظارتی شاهد وقوع انواع تخلفات در این زمینه‌ها هستیم. فرار مالیاتی، قاچاق کالا و ارز، واگذاری غیرقانونی منابع و پروژه‌های اجرایی از برجسته‌ترین تخلفات صورت گرفته در حوزه مناطق آزاد است.
از سویی دیگر عدم تعیین نقش مناطق آزاد و ویژه در سیاست‌های کلان اقتصادی و برنامه‌های توسعه کشور، یکی از دلایل اصلی انحراف مناطق آزاد از اهداف اصلی محسوب می‌گردد. در برنامه‌ریزی‌های 5 ساله کشور هیچ اشاره‌ای به نقش و وظایف مناطق آزاد در افزایش تولید ناخالص ملی، صادرات کالا و یا ایجاد اشتغال پایدار نشده است. به‌عبارتی‌دیگر هدف‌گذاری مشخصی برای فعالیت مناطق آزاد وجود نداشته و عملکرد نامناسب آن‌ها تأثیری در ادامه فعالیت مناطق ندارد.
مجلس شورای اسلامی به‌عنوان یکی از نهادهای نظارتی، به اقداماتی در این حوزه پرداخته که به برخی از آن‌ها اشاره می‌شود.
در سال 87، اولین گزارش تحقیق و تفحص از مناطق آزاد در صحن علنی قرائت شد. این گزارش به مشکلات متعددی می‌پردازد لکن فاقد الزام اجرایی و رویه پیشنهادی جهت اصلاح مشکلات است به‌گونه‌ای با گذشت حدود 9 سال، بسیاری از مشکلات و تخلفات قرائت شده هنوز در مناطق آزاد جاری و ساری هستند.
در سال 94، تحقیق و تفحص از منطقه آزاد اروند به پیشنهاد نماینده مربوطه آغاز گردید و در این زمینه مصاحبه‌های متعددی از شناسایی تخلفات منتشر شد اما علی‌رغم تکمیل گزارش و صرف هزینه از بیت‌المال جهت تحقیق و تفحص، این گزارش هرگز منتشر نشد و در مجلس نیز قرائت نگردید.
اواخر سال 95 نیز طرح تحقیق و تفحص از مناطق آزاد در کمیسیون اقتصادی مجلس به تصویب رسید اما هنوز در صحن علنی به رأی گذاشته نشده است. همچنین با توجه به اظهارات منتشر شده از نماینده مردم ماکو و مدیر سازمان منطقه آزاد ماکو، تحقیق و تفحص از منطقه آزاد ماکو به درخواست نماینده این منطقه آغاز شده است. وجود تخلفات و عملکرد نامناسب منطقه دلیل اصلی این اقدام بیان شده است.
نظر به اقدامات اخیر مبنی بر افزایش مناطق آزاد در سطح کشور، اصلاح سازوکار نظارتی بر این مناطق از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. افزایش مناطق آزاد بدون اصلاح ساختار مدیریتی و نظارتی منجر به افزایش تخلفات خواهد شد. افزایش مناطق آزاد باید منوط به قرائت گزارش تحقیق و تفحص مجلس از مناطق آزاد، اصلاح مشکلات و کاهش امکان تخلفات فعلی در مناطق آزاد باشد. تحقق 15 شرط و پیش‌نیاز اساسی ایجاد مناطق آزاد جدید مطابق آنچه رئیس کمیسیون اقتصادی مجلس اظهار نموده، یکی دیگر از الزامات افزایش مناطق است. این شروط ناظر به تأمین زیرساخت، محصورسازی منطقه و حذف درآمد مناطق آزاد از واردات است.
انتقال ساختار دبیرخانه شورایعالی مناطق آزاد به وزارت اقتصاد و ورود دیوان محاسبات به حساب‌های سازمان مناطق آزاد، از مواد مهم برنامه ششم توسعه محسوب می‌شود که تا حدودی بر کاهش تخلفات در مناطق آزاد مؤثر خواهد بود اما به‌هیچ‌وجه کافی نیست.
