باوجود این اهداف پس از طی زمان اجرا تا کنون ما شاهد این بودیم که این ادغام نه تنها منجر به کوچک شدن دولت در این دو حوزه نینجامید، بلکه عملاتنها اتفاقی که افتاد مدیریت دو وزارتخانه عریض و طویل با همان ساختار و با اداره کردن یک وزیر ادامه یافت و این موضوع باعت شد حوزه‌های مختلف که بعضا دربعضی از مواقع در مقابل یکدیگر قرار می‌گرفتند با مشکلاتی مواجه شوند و دلیل آن تضاد منافع بود (مثلا حوزه صنعت با تجارت). در این هنگام است که تناقض در سیاست‌گذاری‌ها و تصمیم‌گیری‌ها به وجود می‌آید.
علاوه براین، وزیری که مسوولیت سنگین وزارت صنعت، معدن و تجارت را بر عهده دارد و هر دو وزارتخانه را اداره می‌کند اگر از جنس صنعت باشد اهمیت کار خود را بر صنعت متمرکز می‌کند و اگر از حوزه بازرگانی باشد توجه خود را بیشتر معطوف به بازرگانی و تجارت کرده و از صنعت غافل میشود. مصداق این موضوع را به وضوح می‌توان در دولت دهم که این دو وزارتخانه ادغام شدند و وزیر وقت بازرگانی به عنوان وزیر وزارتخانه جدیدالتاسیس صنعت، معدن و تجارت قرار گرفت مشاهده کرد. وزیر بازرگانی وقت بر مسند این وزارتخانه پس از ادغام قرار گرفت و به دلیل اینکه وزیر مربوطه بیشتر حوزه «تجارت» مورد توجه وی بود، از حوزه «صنعت» مغفول ماند. در نتیجه با توجه به نرخ غیرواقعی ارز در آن دوران، واردات عادی و بی‌رویه وحتی غیرضروری از ماشین‌آلات صنعتی گرفته تا اتومبیل‌های لوکس و همینطور پایه پرچم و سنگ قبر چینی افزایش یافت و در مقابل این امر منجر به کاهش تولید، تعطیلی واحدها، افزایش خیل بیکاران و تبدیل برخی تولیدکنندگان کالا به واردکنندگان شد.
از طرفی دیگر، بعد از جابه‌جایی دولت و روی کار آمدن دولت یازدهم با حضور وزیری از جنس صنعت در راس این وزارتخانه، دقیقا عملکرد وزارتخانه برخلاف دوره قبل شد و حوزه مهم بازرگانی و تجارت کمرنگ و توجه به صنعت افزایش یافت. وی با شعار حمایت از تولید و با به‌کارگیری ابزارهای مختلف در واردات مانند عوارض واردات یا اعمال محدودیت‌های مختلف از جمله افزایش تعرفه یا عدم ثبت سفارش برخی از کالاها، واردات را محدود کرد اما در عمل طی این دوره نیز تاکنون دولت نتوانسته مشکلات اساسی و کلیدی صنعت را با سیاست محدودیت صادرات و واردات یا افزایش دیوار تعرفه برطرف کند. بنابراین به عقیده نگارنده، مشکلات ایجاد شده در زمان ادغام این دو وزارتخانه به مراتب بیش از دوران قبل از ادغام است.
با توجه به اینکه صنعت، معدن و تجارت در برخی از مواقع منافع مشترک دارند، در برخی دیگر نقطه اشتراکی ندارند و حتی در برخی مواقع در تضاد منافع یکدیگر هستند، بنا بر این تفکیک این دو حوزه از یکدیگر لازم و ضروری است. از آنجا که تولید بدون تجارت و تجارت بدون تولید معنی و مفهومی ندارد به نظر می‌رسد با تفکیک این دو وزارتخانه، وزارت صنایع و معادن به درستی و با استدلال منطقی می‌تواند بدون دخالت در حوزه تجارت، از صنعت و معدن حمایت کند و هم وزارت بازرگانی می‌تواند از تجارت کشور به درستی حمایت کند. علاوه بر این با تفکیک این دو وزارتخانه، استقلال سازمان توسعه، تجارت افزایش خواهد یافت و این سازمان می‌تواند بدون هرگونه تاثیرپذیری از وزارت صنعت و بازرگانی به‌عنوان متولی تجارت کشور وظایف خود را به درستی انجام دهد.
