به گزارش ایران اکونومیست, خاتمی در مصاحبه درباره طرح ایده گفت‌وگوی تمدن‌ها می‌گوید: من قبول دارم که در این امر، تنهای تنها بودم. نمی‌خواهم بگویم کسی در داخل با گفت‌وگوی تمدن‌ها دشمنی داشت، اما حداقل توجیه نشده بود که این راه، درست است. شاید اشکال از ما بود که در داخل توجیه نکرده بودیم. به خصوص جریاناتی وجود داشتند که به این موضوع، ابزاری نگاه می‌کردند و می‌گفتند طرح این موضوع انحراف از اصول انقلاب است؛ چون ما باید در مقابل دنیا تا آخرین نفس بایستیم؛ در حالی که گفت‌وگوی تمدن‌ها می‌گفت بایستید، اما منطقی بایستید. نمی‌گفت از منافع بگذرید، ولی می‌گفت با منطق حرف بزنید و افکار عمومی دنیا را با خود همراه کنید.
خاتمی البته به دلایل کاملا روشن توضیح نمی‌دهد که چرا اولا ادعای گفت‌وگوی تمدن‌ها سر از لابی‌ها با اتاق‌فکرهای آمریکایی- صهیونیستی و ملاقات‌های مخفیانه درآورد و ثانیا چرا اساسا بی‌اعتبار شد؟ در واقع خاتمی تنها ماند چون دولت آمریکا با وجود چراغ سبز برای تصویب سال گفت‌وگوی تمدن‌ها در سازمان ملل در همان سال به شکلی یاغیانه به افغانستان حمله کرد و به اشغالگری و جنایت در این کشور پرداخت و با وجود بهره گرفتن از کمک‌های دولت اصلاحات و وزارت خارجه آن، ایران را جزو محور شرارت معرفی کرد.
