او در جبل عامل در روستایی به نام "جبع" یا "جباع" زندگی می کرد و نسب اش به حارث همدانى، صحابى جلیل القدر حضرت علی(ع) مىرسد. حارث همدانى در جنگ صفین و جمل از یاوران امیر مومنان بود. او در سن سیزده سالگی به دلیل فشارهای دولت عثمانی بر شیعیان و به دعوت از شاه طهماسب صفوی برای حضور در ایران، رهسپار قزوین شد.
شایان ذکر است؛ به دلیل شخصیت علمی، دینی و اخلاقی شیخ بهایی، در سن 43 سالگی به عنوان شیخ الاسلام در اصفهان منصوب شد و خدمات ارزنده ای را در اصفهان بر جای گذاشت همچنین به دلیل سفرهای متعدد به شهرهای دینی در سراسر جهان، با معماری اسلامی در سطح جهان آشنا شد.
شیخ بهائی، دانشمند مشهور قرن دهم و یازدهم هجری در بسیاری از علوم از جمله : فقه، فلسفه، منطق، ریاضیات و نجوم تبحر داشت. سازمان بین المللی یونسکو هم به پاس خدمات او در علم ستاره‌شناسی سال 2009 را به نام او، سال «نجوم و شیخ بهایی» نام‌گذاری کرد. او همچنین در عرصه مهندسی و معماری اسلامی و ایرانی تلاش های فراوانی کرد. (2)
می گویند شیخ بهائی پیوسته به مسافرت می رفته و حدود 30 سال از عمر خود را در سفر گذرانده است. سیاحت، دیدن و تجربه اندوزى و همچنین حسادت اطرافیان در دربار صفوی نسبت به موقعیت و احترام او، علت این سفرهای طولانی و پی در پی بوده است. وی همراه شاه عباس، فاصله اصفهان تا مشهد رضوى را پیاده طى کرد. سفرى به کشور مصر داشت و در آنجا کتاب معروف خود، کشکول را تألیف کرد. شیخ بهائی همچنین به روم، شام و بیت المقدس پس از مراجعت از مصر سفر کرد.
شیخ بهایی در حمایت از فعالیت های فرهنگی کوشا بود. از جمله برخی از کتاب
هایی که شیخ به کتابخانه امام رضا(ع) در مشهد اهداء کرده به نام "اعلام
الدین دیلمی" خط شیخ بهایی را به یادگار دارد.(3)
علاوه بر ایجاد بناهای تاریخی در مشهد و اصفهان و سایر شهرها، سعی در
احیای خاطره مردان بزرگ، یکی از تلاش های اجتماعی شیخ بهایی است که در این
جریان تاریخی ثبت شده است. از این رو یکی از یادگارهای شیخ بهایی ایجاد بنا
برای آرامگاه خواجه ربیع در مشهد است. او شاه عباس را وا می داشت که
آرامگاه پر شکوهی بر قبر خواجه بنیان کند. آرامگاه اصلی، بدین ترتیب در سال
رحلت شیخ بهایی 1031 هجری قمری به دست "الغ الرضوی" خادم ساخته شده و
کتیبه هایی به قلم "علیرضا عباسی" بر آن نوشته شده است.این ساختمان از جنبه
معماری منبع الهام تاج محل یکی از عجائب هفتگانه عالم بوده است.(4)
نوشته اند روزی شیخ بهائى به همراه گروهى از شاگردانش براى خواندن فاتحه به قبرستان رفت. بر سر قبرها مى‌‌نشست و فاتحه‌‌اى نثار گذشتگان مى‌‌کرد تا اینکه به قبر بابا رکن‌الدین رسید. آوایى شنید که سخت او را تکان داد. از شاگردان پرسید: «شنیدید چه گفت؟» گفتند: « نه». شیخ بهائى پس از آن، حال دیگرى داشت و همواره در حال دعا و گریه بود. مدتى بعد، شاگردانش از او پرسیدند که آن روز چه شنیده بود. گفت: « به من گفتند آماده مرگ باشم.»
شش ماه گذشت و دوازدهم شوال 1030 قمری فرا رسید و روح ملکوتی آن عارف و عالم بزرگ به سوى معبود پر کشید. بیش از 50 هزار نفر در تشییع جنازه او شرکت کردند و اصفهان پایتخت صفویه غرق در ماتم مرگ او شد. علامه محمدتقى مجلسى نماز او را خواند و سپس پیکرش را به مشهد مقدس بردند و بنا به وصیت خودش در جوار مرقد امام رضا (ع) به خاک سپردند. قبر شیخ بهائی اکنون در رواقی به نام خودش در حرم امام رضا(ع) قرار دارد.
