صندوق توسعه ملی مدیریت کننده و ناظر بر استفاده بهینه از منابع و ثروت ملی کشور در مسیر توسعه و پیشرفت است به نحوی که سهم آیندگان نیز در آن به بهترین شکل لحاظ شود.
در واقع صندوق توسعه ملی با مسئولیتی که بر عهده دارد، چه در حوزه ارتقاء کمی و کیفی تولید ملی، اشتغال زایی، اجرای اهداف اقتصاد مقاومتی، تولید صادرات محور، توانمندسازی بخش خصوصی در قالب اصل ۴۴ و سایر بندهای مترقی در قانون اساسی و سند چشم انداز و برنامه‌های توسعه، نقش آفرین و بسترساز است.
بحث دریافت مالیات از صندوق توسعه ملی طی سال‌های گذشته یکی از چالش‌های میان این صندوق و سازمان امور مالیاتی بوده است.
اواخر سال ۹۸ بود که دولت وقت ۱۸۰۰ میلیارد تومان از منابع صندوق توسعه ملی را به عنوان مالیات از این صندوق برداشت نمود که با اعتراض شدید مسئولین صندوق توسعه همراه شد.
رئیس وقت هیات عامل صندوق توسعه ملی اخذ مالیات ۱۸۰۰ میلیارد تومانی از صندوق را خلاف قانون دانسته و به رئیس هیات نظارت صندوق و دیوان محاسبات شکایت کرد.
مسئولان صندوق توسعه ملی همواره استدلال می کنند که سود ناشی از تسعیر نرخ ارز هم جزو منابع صندوق به حساب می‌آید و چون درآمد نیست نمی‌توان از آن مالیات گرفت و از سوی دیگر تاکید مواد قانونی مختلف مبنی بر مستثنی بودن صندوق از پرداخت مالیات و لزوم باقی ماندن این سرمایه کشور برای امور مهم و آیندگان، نشان می‌دهد که نباید مالیاتی از صندوق اخذ و در امور جاری کشور هزینه شود.
براساس اساسنامه صندوق توسعه ملی، منابع ارزی ورودی به این صندوق در حساب های آن در بانک مرکزی نگهداری می‌شود، اما این صندوق می‌تواند معادل ریالی آن را برای پرداخت تسهیلات به سرمایه گذاران، در بانک‌های عامل سپرده‌گذاری کند.
در ماده ۱۳۶ قانون محاسبات عمومی کشور مصوب سال ۶۶ تاکید شده است: سود و زیان حاصل از تسعیر دارایی‌ها و بدهیهای ارزی شرکت‌های دولتی درآمد یا هزینه تلقی نمی‌شود؛ مابه‌التفاوت حاصل از تسعیر دارایی‌ها و بدهیهای مذکور باید در حساب «ذخیره تسعیر دارایی‌ها و بدهیهای ارزی» منظور شود.
در پی همین اختلافات، دادستانی کل کشور در جهت صیانت از حقوق عامه و حفظ منابع ارزشمند ملی به موضوع مذکور ورود و بررسی‌های لازم در این خصوص را انجام داد.
پس از انجام بررسی‌های کارشناسی، دادستان کل کشور در راستای حفظ سرمایه‌های بلند مدت، اقدامات عمرانی و توسعه بین نسلی و از آنجایی که کارکرد اصلی این صندوق ایجاد تولید و اشتغال و امور زیربنایی برای آینده کشور است و در واقع صندوق برای تامین درآمدهای مالیاتی دولت ایجاد نشده است، در نامه‌ای به وزیر امور اقتصادی و دارایی با اخذ مالیات از صندوق توسعه ملی مخالفت کرده است.
در نامه اخیر دادستان کل کشور به وزیر امور اقتصادی و دارایی آمده است: با توجه به بررسی‌های به عمل آمده وصول مالیات از صندوق توسعه ملی غیر موجه به نظر می‌رسد.
