با انتشار این خبر، تحلیل نمایندگان و کارشناسان اقتصادی این بود که دولت به علت کسری بودجه برای تعهدات خود خصوصا پرداخت یارانه نقدی دست به چنین اقدامی زده است.
در مقابل، دولت این اقدام را اینگونه توجیه کرد که برخی بانک‌ها ارز مرجع دریافتی از بانک مرکزی را در بازار آزاد فروخته بودند. اما هیچ‌کدام از مدیران بانک‌های عامل این اتهام را نپذیرفتند و به دستگاه‌های نظارتی پناه بردند.
علاوه بر بانکی‌ها، این اقدام واکنش نمایندگان مجلس را هم به دنبال داشت و ۱۸نفر از آنها در تذکری کتبی به رئیس‌جمهوری و نیز وزیر امور اقتصادی و دارایی خواستند تا نسبت به صدور دستور جلوگیری از «برداشت غیرقانونی» منابع مالی از حساب بانک‌ها توسط بانک مرکزی اقدام کنند. سپس گزارشی از طرف کمیسیون اقتصادی مجلس تهیه و با رای نمایندگان به قوه قضائیه فرستاده شد.
به‌رغم این اعتراض‌ها اما بانک مرکزی مدعی بود مبلغی که باید از حساب بانک‌ها کسر می‌شد بیش از ۸هزار و ۷۰۰ میلیارد‌تومان برآورد شده بود، ولی چون سهم برخی بانک‌ها از این رقم، بیش از سرمایه اصلی آنها بود و می‌توانست مشکلاتی را در زمینه نقدینگی به‌وجود بیاورد و حتی باعث ورشکستگی بعضی بانک‌ها شود، میزان کمتری از آن رقم برداشت شد.
این بحث‌‌ها وجود داشت تا اینکه دیوان محاسبات حکم انفصال از خدمت بهمنی را به دلیل این اقدام صادر کرد. ادله دیوان محاسبات برای صدور این حکم، عدم وجود مجوز قانونی بانک مرکزی برای این کار بود.
رئیس‌کل بانک مرکزی در واکنش به این حکم به رسانه‌ها گفت: «بحث برداشت از حساب بانک‌ها توسط بانک مرکزی کاملا براساس مصوبه هیات وزیران است و این برداشت انجام شده به صورت علی‌الحساب است؛ بانک مرکزی براساس مصوبه هیات دولت درصورت نیاز باز هم از حساب بانک‌ها برداشت و به خزانه واریز می‌کند. پس از آن رئیس کل بانک مرکزی به این حکم اعتراض کرد و در حال حاضر این پرونده در نوبت رسیدگی در دادگاه تجدید نظر است.»
اقدام دیوان محاسبات، مورد اعتراض احمدی‌نژاد هم واقع شد. او در جلسه جنجالی استیضاح وزیر کار هم به این موضوع اشاره کرد و گفت: «بر اساس قانون ديوان محاسبات موظف است، اسناد و مدارك مربوطه را برابر قانون جمع آوري و گزارش تفريغ بودجه هر سال را به انضمام نظرات خود به مجلس شوراي اسلامي تسليم نمايد. آيا در اينجا اصلا گفته شده كه ديوان محاسبات مي تواند دادگاه داشته و محاكمه و مجازات كند اما ديوان محاسبات دو هفته قبل به رئيس بانك مركزي كه اين بانك نه از بودجه كل کشور استفاده مي كند، يك سال از خدمت انفصال داد كه چنين اقداماتي آثار زيانباري دارد اگر هيبت بانك مركزي شكسته شود چنانچه ساعت ها برنامه ريزي اقتصادي كنيم فايده‌اي نخواهد داشت.»
سرانجام، با گذشت بیش از یک سال و چند ماه از برداشت شبانه 3هزار میلیارد تومانی بانک مرکزی از حساب بانک‌ها رئیس کل بانک مرکزی به سادگی از عقب‌نشینی دولت خبر داده و اعلام کرده است: «تصور همکاران ما این بود که مابه‌التفاوت‌هایی از قیمت ارز که در آنها انحراف وجود داشت مربوط به بیت‌المال است که باید به خزانه برمی‌گشت. با توجه به این موضوع پس از رسیدگی مراجع نظارتی به این موضوع و تشخیص اینکه اشتباه برداشت کرده‌ایم و بخشی از این برداشت باید بازگردانده شود، این کار را انجام خواهیم داد.» (روزنامه ایران پنجشنبه 2 خرداد 1392)
اظهارنظر اخیر رئیس‌کل بانک مرکزی نشان‌دهنده عقب‌نشینی از تصمیم جنجالی اسفند 1390 است. بر این اساس، آیا می‌توان پذیرفت که بانک مرکزی دچار اشتباه 3 هزار میلیارد تومانی شده باشد؟ مطمئنا با وجود کارشناسان و متخصصان برجسته و باتجربه که در بدنه بانک مرکزی مشغول به کار هستند، نمی‌توان بروز چنین اشتباهی را پذیرفت.
بنابراین می توان تحلیل آن زمان کارشناسان را مبنی بر "دولت بابت کسری بودجه، آن پول را از حساب بانک‌ها برداشت کرده بود"را به واقعیت نزدیک دانست.
