شبیه‌سازی دینامیک مولکولی برای بررسی فعالیت کاتالیزورها در بدن انسان

عضو هیات‌ علمی پژوهشگاه شیمی و مهندسی شیمی ایران، طرح پژوهشی بررسی فعالیت کاتالیزوری دی‌اِن‌اِی‌زیم ۱DB۹ با شبیه‌سازی دینامیک مولکولی را به پایان رساند که می‌توان از آن‌ها در کاتالیز کردن واکنش‌ها در بدن موجودات زنده و به‌ویژه انسان استفاده کرد.

کد خبر: ۷۲۷۸۱۹

تاریخ: ۲۰ مرداد ۱۴۰۳ - ۰۹:۱۲

به گزارش گروه علم و آموزش ایران اکونومیست از روابط‌ عمومی بنیاد ملی علم ایران (INSF)، بررسی فعالیت کاتالیزوری دی‌اِن‌اِی‌زیم ۱DB۹ با شبیه‌سازی دینامیک مولکولی عنوان طرح پژوهشی سعید امینی کمیجانی عضو هیات‌ علمی پژوهشگاه شیمی و مهندسی شیمی ایران است که با حمایت بنیاد ملی علم به پایان رسانده است.

امینی کمیجانی با مدرک دکتری تخصصی شیمی -شیمی‌فیزیک از دانشگاه صنعتی شریف درباره این طرح توضیح داد: ارائه مکانیسم واکنش این دی‌اِن‌اِی‌زیم بر پایه نتایج حاصل در سطح مولکولی که می‌تواند در طراحی و سنتز دی‌اِن-اِی‌زیم‌های جدید بسیار مفید باشد، به‌ویژه با یافتن نقش دقیق کوفاکتورهای فلزی، شاید بتوان دی‌اِن‌اِی‌زیمی طراحی کرد که در غلظت‌های معمولی کاتیون‌های فلزی موجود در بدن عمل می‌کند.

وی افزود: بنابراین می‌توان از آن‌ها در کاتالیز کردن واکنش‌ها در بدن موجودات زنده و به‌ویژه انسان استفاده کرد.

این محقق و پژوهشگر، هدف اصلی از اجرای این طرح را پیشنهاد الگویی جهت طراحی دی‌اِن‌اِی‌زیم‌های قابل استفاده در بدن انسان ذکر کرد و گفت: از دیگر اهداف انجام این طرح، ارائه مکانیسم واکنش این دی‌اِن‌اِی‌زیم بر پایه نتایج حاصل از شبیه‌سازی و یافتن نقش دقیق کوفاکتورهای فلزی در عملکرد آن است.

به گزارش ایران اکونومیست، با شبیه‌سازی می‌توان با توجه به ساختار و برهم کنش‌های اتم و یا مولکول‌های تشکیل‌دهنده یک سیستم، به بسیاری از خواص کل مجموعه پی برد. از مهم‌ترین تکنیک‌های شبیه‌سازی، دینامیک مولکولی است که از طریق آن با بررسی خواص میکروسکوپی می‌توان به خواص ماکروسکوپی یک سیستم پی برد.

دینامیک مولکولی در واقع، شکلی از شبیه‌سازی کامپیوتری است که در آن اتم‌ها و مولکول‌ها اجازه دارند برای یک دوره از زمان تحت قوانین شناخته‌شده فیزیک با هم برهم‌کنش کنند و چشم‌اندازی از حرکت اتم‌ها بدهند و از آنجا که تعداد اجزای تشکیل‌دهنده هر سیستم زیاد است، برای تعیین خواص آنها، از حل معادله‌های عددی استفاده می‌شود.