هرچند علی‌مطهری معتقد است که روش اثباتی بازرگان ناقص بوده و روش صحیح فهم دین روش فلسفی مورد استفاده شهید مطهری است، اما مهم‌تر از این تفاوت‌های اندیشه‌ای، علی مطهری به دلایلی اشاره می‌کند که موجب نزدیکی پدرش و بازرگان به یکدیگر می‌شده. علی مطهری می‌گوید بازرگان و نهضت آزادی باید همچنان در داخل قطار انقلاب حفظ می‌شدند و فقط نمی‌شد مناصب حساس و کلیدی را به آنها سپرد. او می‌گوید پدرش نیز چنین رویکردی داشته و نظر پدرش با دیگر انقلابیون نسبت به بازرگان متفاوت بوده است.
