اولین سمتش بعد از انقلاب، معاونت سیاسی استاندار کرمان بود، اما بعد از آن عضویت در شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، سکوی پرش او به انتخابات مجلس دوم شورای اسلامی شد. دبیرکلی جامعه اسلامی مهندسین، نایب‌رئیسی جبهه پیروان خط امام و رهبری، ریاست فراکسیون اصولگرایان مجلس هفتم، نایب‌رئیسی فراکسیون اصولگرایان مجلس هشتم، عضویت به‌عنوان مؤسس شورای هماهنگی نیروهای انقلاب، مسئولیت تشکیلات استان کرمان حزب جمهوری اسلامی، عضویت همزمان در ۲ کمیسیون زیربنایی و سیاسی- امنیتی مجمع تشخیص مصلحت نظام و عضویت کمیسیون تدوین سند چشم‌انداز بیست‌ساله در مجمع تشخیص مصلحت نظام شاخص‌ترین عناوینی هستند که در رزومه اجرایی و سیاسی محمدرضا باهنر دیده می‌شوند.
هرچند رزومه باهنر قابل‌توجه و پربار است، اما بخش اعظم این رزومه را حضور او در ۷ دوره مجلس شورای اسلامی- ادوار دوم، سوم، چهارم، پنجم، هفتم، هشتم و نهم - تشکیل می‌دهد؛ به‌عبارتی دیگر او ۲۸سال از عمر ۶۶ساله‌اش را در مجلس شورای اسلامی سپری کرده است.
«لابی من» بی‌تعارف
محمدرضا باهنر از مجلس هفتم به بعد- یعنی مجالس هشتم و نهم- تأثیرگذار‌ترین چهره در مجلس بود و ورود او به موضوعی به‌معنای به کرسی‌نشاندن طرح و ایده‌ای بود که در ذهن داشت یا همفکرانش‌در آن موضوع برنامه‌ریزی کرده بودند. او بی‌تعارف، جدی و خیلی صریح به موضوعات ورود می‌کرد و همین صراحتش او راچنان بین نمایندگان ۳دوره مذکور بهارستان قدرتمند کرده بود که برهم زدن خواسته‌اش در موضوعات در دستورکار بهارستان؛ از طرح‌های تحقیق و تفحص و استیضاح وزرا گرفته تا به جریان‌انداختن طرح و لایحه‌ای و حتی بودجه‌نویسی تقریبا غیرممکن بود. اوج قدرت باهنر در دوره هفتم مجلس شورای اسلامی بود که اصولگرایان اکثریت مجلس را در قبال اقلیتی شکننده به‌دست آورده بودند. او در این دوره به‌راحتی می‌توانست با جذب رأی اکثریت مجلس بر کرسی ریاست تکیه زند، اما برخلاف این اقبال او همواره ترجیح داد که نایب‌رئیس مجلس بماند. خودش در این‌باره می‌گوید: «واقع قضیه این است که همیشه فکر می‌‌کردم آدم در یک مجموعه نباید خودش را جلو بیندازد. می‌شود عقب‌تر ایستاد و بر امور نفوذ داشت. برای مثال، در مجلس هفتم، اگر می‌خواستم رئیس بشوم می‌‌توانستم؛ این را همه می‌دانند.
تقریبا یک‌ماه مانده به تشکیل مجلس هفتم، شاید با ١٦٠-١٥٠ نفر از نمایندگان منتخب، تک‌تک جلسه گذاشتم و برایشان دلیل و منطق آوردم که من نباید رئیس شوم و بهتر است آقای حداد رئیس شوند. این کار درست برخلاف لابی‌گری‌های مرسوم در دنیاست که طرف می‌رود جلسه می‌گذارد که بیایید به من رأی بدهید.» کوچ از بهارستان او بعد از مجلس نهم، از نمایندگی در مجلس شورای اسلامی کناره‌گیری کرد و با بیان اینکه باید به کارهای مهم‌تری رسیدگی کند به دفترش در خیابان خردمند تهران کوچ کرد. هرچند باهنر در شرح کارهای مهمی که مدعی انجام آن شده سکوت کرده و فعلا جزئیات آن را محرمانه نگه داشته است اما آنچه عیان است اینکه او در ۳سال اخیر اندوخته نمایندگی و رایزنی‌ها قریب به ۳دهه‌اش را بیرون از پارلمان نظم بخشیده و به‌جد مشغول ساماندهی اموری است که بر دوش جناح راست سنگینی می‌کند.
