مجلس معتقد است که از زمان تصویب، این فاز با سقف‌ها و محدودیت‌های تعیین شده قانوني، باید به مرحله اجرا گذارده شود و از آن سو دولت بر آن است که با آن محدودیت‌ها تا به حال قادر به اجرای آن نبوده است. فارغ از این مساله میان دو قوا، دغدغه‌هایی میان کارشناسان وجود دارد که مقتضی است مجریان بیشتر از گذشته به آن توجه کنند.
یکی از دغدغه‌ها آن است که هر چند دادن وجه نقدی یارانه‌ها می‌تواند رفاه عمومی را از طریق دادن حق انتخاب به افراد افزایش دهد؛ اما نباید فراموش کرد که پر کردن حساب ایرانیان از پول نقد، در درجه دوم اهمیت برای هدفمند شدن یارانه‌ها است. قرار بر این بود تا یارانه‌های کالایی حذف شود تا سیستم قیمتی در یک بازار آزاد بتواند کارآیی اقتصاد را افزون کند. لیک حال گویی دغدغه همه سیاست‌گذاران تغییر کرده و مساله آن شده که چگونه می‌توان پول نقد به مردم داد و با چه منابعی. باید بار دیگر مقصود از هدفمندی یارانه‌ها را مرور کرد. قرار بر این بود تا بازار آزاد و سیستم قیمتی توان تولیدی ما را افزون کند؛ اما هدفی دیگر – دادن پول نقد به عموم- جای آن را گرفته است و فراتر از این می‌توان طیفی از سیاست‌های دیگر را خارج از بحث یارانه‌ها مثال آورد که در تضاد با هدف اصلی هدفمندی یارانه‌ها است و این به معنای بروز تضاد سیاست‌ها است. آیا مداخله‌های پی‌درپی و بی‌نتیجه در بازار ارز، سیاست‌هایی که اقتصاد ایران را هر روز منفک از اقتصاد جهانی می‌کند و...، در راستای هدفی است که قرار بوده یارانه‌های نقدی به آن برسد؟
از این رو است که یکی از دغدغه‌های اصلی کارشناسان، احیای هدف اصلی یارانه‌های نقدی، که همان آزادسازی بازارها است و از آن سو، هماهنگ کردن کنش‌های سیاستی دیگر با این هدف است.
مساله دیگر، تاثیر فاز اول هدفمندی یارانه‌ها بر شاخص کالاها و خدمات مصرفی و تولیدی است که موجب شده است تا تورم بار دیگر به شکل غیر قابل باوری يكه‌‌تازی کند. اگرچه مجموعه‌ای از وقایع در طول دوره اجرا شدن فاز اول می‌تواند از عوامل تورم زا قلمداد شود، اما یکی از این عوامل نیز نقدی شدن یارانه‌ها است. قرار بر این بود که دولت از طریق منابع حاصله، یارانه نقدی را پرداخت کند؛ اما آماری که خود دولت ارائه می‌دهد، ظاهرا تا پیش از سال 1390، دولت برای اجرای هدفمندی یارانه‌ها مجبور به استقراض 9000 میلیارد تومانی از بانک مرکزی شده که این یکی از عوامل تاثیرگذار بر رشد نقدینگی و تورم بوده است. باید در فاز دوم یارانه‌ها به این مساله توجه کرد. شاید بتوان گفت یکی از عواملی که این مشکل را به وجود آورده همان تکیه اصلی بر مساله دادن پول نقد به هر شکل است. باید از این مساله دوری گزید. پر کردن حساب مردم از طریق افزایش پایه پولي بی‌تردید، هیچ مزیت اقتصادی در بر ندارد و باید به هر شکل جلوی آن را گرفت.
فراتر از این، مشکلات دیگری است که در فاز اول بارها از سوی نهادهای دیگر به آنها اشاره شده، مانند مشکل صنایع تولیدی. با توجه به این موارد، به نظر می‌رسد که نه تنها دولت بر مبنای قانون باید به سرعت در مورد اجرای فاز دوم اقدام کند، بلكه باید با نگاه به گذشته و مشکلات ایجاد شده در فاز اول، که بخشی از آن ذکر شد، در جهت کارآتر شدن و نزدیک شدن به هدف اصلی یارانه‌های نقدی گام بردارد.
