گروهی از محققان از موسسه روبرت کخ در برلین و موسسه ماکس پلانک برای علم تاریخ بشر، روش جدیدی را برای برآورد سریع مسیر‌های به روز ژنوم سارس-کوو-۲ نمونه برداری شده را با استفاده از روش‌های فیلودینامیکی ارائه می‌دهند.
شمارش روزانه موارد جدید کووید-۱۹ مبنایی برای ارزیابی وضعیت همه گیری است و برای تصمیم گیری آگاهانه در مورد مداخلات عمومی ضروری است. با این حال این تعداد مورد براساس نتایج آزمایش تشخیصی مثبت است و بنابراین به استراتژی اصلی آزمایش بستگی دارد؛ اما استراتژی‌های آزمایش از منطقه‌ای به منطقه دیگر متفاوت است و با گذشت زمان به شدت تغییر کرده است، بنابراین تاثیر دقیق آن‌ها بر تعداد تشخیص‌های روزانه جدید دشوار است؛ بنابراین برآورد قوی‌تری از تعداد افراد تازه آلوده برای نظارت همه گیر ضروری است.
به منظور برآورد بهتر میزان آلودگی جدید، محققان روش محاسباتی جدیدی را توسعه داده و آزمایش کرده‌اند که مشخصات موقتی شیوع ویروس را صرفا از توالی ژنومی و تاریخ نمونه گیری آن‌ها استنباط می‌کند. از آنجا که ژنوم ویروسی زیربنای یک فرآیند جهش مداوم است، تغییرات توالی آن در طول زمان نیز گسترش آن را در جمعیت دنبال می‌کند.
دنیس کوهنرت، یکی از نویسندگان این مطالعه می‌گوید: جهش‌هایی که در ژنوم‌های ویروسی ایجاد می‌شود، سیگنالی را به ما منتقل می‌کند که به ما امکان می‌دهد تنوع ژنتیکی را با اندازه جمعیت ویروس و در این مورد نیز با بروز آن مرتبط کنیم.
با محاسبه برآورد ثابت قطعی تعداد موثر باروری بین تغییرات قابل توجه در مداخلات غیر دارویی، این مطالعه اثرات بالقوه اقدامات عمومی بر گسترش کووید-۱۹ را برجسته می‌کند.
اقدامات قرنطینه‌ای که توسط بسیاری از کشور‌های اروپایی انجام شده است یک مثال بارز است. در بهار سال ۲۰۲۰، پس از اجرای محدودیت‌های سختگیرانه در اروپا، تعداد باروری موثر به زیر ۱ رسید. هنگامی که این اقدامات در ابتدای تابستان ۲۰۲۰ در اکثر کشور‌ها لغو شد، تعداد تولید مثل موثر به بیش از ۱ افزایش یافت.
این تیم تجزیه و تحلیل گسترده فیلودینامیکی را با استفاده از ژنوم سارس-کوو-۲ از چهار منطقه مختلف (دانمارک، اسکاتلند، سوئیس و ایالت ویکتوریا استرالیا) برای اعتبار سنجی روش جدید انجام داد.
دکتر آریان وبر، می‌گوید: با مقایسه نتایج با تعداد موارد گزارش شده، ما توانستیم دوره‌های گزارش نادرست را تشخیص دهیم. این‌ها شامل اولین موج عفونت‌ها در اسکاتلند و ویکتوریا و همچنین امواج همه گیر کوچک در اروپا در تابستان ۲۰۲۰ است که در تعداد موارد تشخیصی قابل مشاهده نیست.
با استفاده از ارتباط به روز ایجاد شده توسط روش جدید و داده‌های عمومی در مورد استراتژی‌های آزمایش استقرار یافته، محققان همچنین توانستند میزان تشخیص مورد را در طول زمان محاسبه کنند. این‌ها نشان می‌دهد که افزایش ظرفیت آزمایش به طور کلی منجر به نسبت بالاتری از موارد شناسایی شده می‌شود. با کمال تعجب، احتمال تشخیص هنگامی که معیار‌های آزمایش تسهیل شود، کاهش می‌یابد. این یک توضیح بالقوه برای عدم تشخیص موارد مشاهده شده در اروپا در تابستان ۲۰۲۰ است، زمانی که معیار‌های آزمایش ضعیف‌تر با ظرفیت آزمایش بدون تغییر ترکیب شدند.
