جعفر میلی منفرد سیزدهمین فردی بود که برنامه‌ها و صلاحیت وی برای وزارت مورد بررسی قرار گرفت. مخالفان وزیر پیشنهادی علوم، برنامه پیشنهادی، سوابق سیاسی و نقش وی در انتخابات سال 88 را طرح کردند. موافقان نیز وی را شخصیتی انقلابی و علمی دانستند که پله‌های ترقی را در وزارت علوم طی کرده است.
کارخانه‌ای: انتقاد از برنامه غیرعملیاتی میلی‌منفرد
ابراهیم کارخانه‌ای نماینده مردم همدان در مجلس شورای اسلامی در جلسه علنی صبح امروز خانه ملت در سخنانی بعنوان مخالف جعفر میلی‌منفرد وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری، اظهار داشت: امروز صحبت بیشتر درباره وزارتخانه‌ای مطرح است که به عنوان مغزافزار نظام جمهور اسلامی ایران است.
وی افزود: اگر وزاتخانه‌های راه و شهرسازی، نفت و جهاد کشاورزی با آب و خاک و سرزمین ما سر و کار دارند، وزارت علوم با قلب‌های تپنده نخبگان و هزاران جوان ما سر و کار دارد.
کارخانه‌ای با بیان اینکه وزرات علوم یک وزارتخانه مادر تخصصی است که نیروهای انسانی زیادی در آن تربیت می‌شوند، تصریح کرد: به همی دلیل چشم طمع دشمنان بیش از هر وزارتخانه دیگری به وزارت علوم دوخته شده است و باید به این وزارتخانه عظیم و کلیدی توجه زیادی داشته باشیم.
نماینده همدان در مجلس در بخش دیگری از سخنانش خاطرنشان کرد: علت مخالفت استکبار جهانی با جمهوری اسلامی ایران شتاب پرافتخار علمی در کشور است که جوانان ما در دانشگاه‌ها پرچم عزت و افتخار ایران را به اهتزاز درآوردند و باید درباره این وزارتخانه کمال دقت و بصیرت صورت گیرد.
به گفته وی برنامه پیشنهادی میلی‌منفرد بیشتر به یک متن توصیفی-علمی شبیه است تا یک برنامه راهبردی، برنامه میلی‌منفرد یک متن بسیار کلی است تا اینکه یک چارچوب مشخص و عملیاتی داشته باشد، واقعا ان برنامه عملیاتی نیست، بنده خط به خط آن را مطالعه کردم در حالیکه برنامه پیشنهادی باید دارای راهبردی عملیاتی مشخص باشد اما این برنامه اینچنین نیست.
کارخانه‌ای در ادامه سخنانش یادآور شد: علیرغم تاکیدات مقام معظم رهبری درباره جایگاه علوم انسانی و علیرغم اینکه یک ماده از سیاست‌های برنامه پنجم به تحول در علوم انسانی اختصاص دارد اما در برنامه پیشنهادی میلی‌منفرد هیچ اشاره‌ای به تحول علوم انسانی نشده است، در این برنامه همچنین نقشه جامع علمی کشور در نظر گرفته نشده است.
این نماینده مجلس همچنین خاطرنشان کرد: در حالیکه برخی موارد در این برنامه وجود دارد که هیچ ربطی به برنامه پنجم ندارند، باید بگویم در ابتدای این برنامه اشاره شده که میلی‌منفرد تاکنون 87 مقاله علمی داشته است در حالی که در پایان هم گفته شده میلی‌منفرد دارای 250 مقاله علمی است، ما باید به کدام یک از این دو آمار استناد کنیم؟ کدام آمار درست است؟
کارخانه‌ای در خاتمه گفت:در ابتدای این برنامه نوشته شده که میلی‌منفرد 36 پایان‌نامه کارشناسی ارش داشته است در حالی که در پایان این برنامه نوشته شده یکصد مورد، ما بر روی این موارد بحث داریم.
