در واقع زیست فناوری محیط زیست به معنای به کارگیری سیستم‌های زنده، فرآورده‌ها و یا سازوکار‌های آن‌ها برای حل هرگونه مشکلات زیست محیطی است. یکی از این راهکار‌ها استفاده از فناوری‌های زیستی برای پاکسازی فاضلاب‌های شهری و کاهش عوارض این فاضلاب‌ها است.
عدم پاکسازی فاضلاب‌ها از نیتروژن و فسفر، باعث بروز بیماری‌های مختلفی در انسان می‌شود و عوارض محیط زیستی زیادی نیز در پی دارد. این در حالی است که اگر فاضلاب‌های شهری به درستی مدیریت شوند می‌توانند کاربرد‌های مختلفی در صنایع کشور داشته باشند.
یکی از روش‌های پاکسازی فاضلاب‌های شهری استفاده از میکروارگانیسم‌ها است. این موجودات زنده می‌توانند به کاهش غلظت نیترات و فسفات از پساب شهری کمک کنند. در همین راستا ستاد توسعه زیست فناوری معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری چند سالی است که به دنبال اجرایی سازی طرح‌هایی برای کاهش مواد مضر از فاضلاب‌های شهری است که بهترین و موثرترین این روشها، روش‌های زیستی است. یکی از دستاورد‌های این طرح، استحصال بیو‌گاز از واحد‌های هضم لجن سامانه تصفیه فاضلاب شهری است که این دستاورد نیز خود یکی از مهم‌ترین نیاز‌های جامعه شهری محسوب می‌شود.
فناوری‌های زیستی کاربرد‌های زیادی در پاکسازی زمین و نجات محیط زیست از آلودگی دارد؛ ستاد توسعه زیست فناوری معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری نیز با علم به همین موضوع چند سالی است که با تشکیل کارگروه محیط زیست و تعریف برنامه‌های مختلف در این زمینه، راهکار‌های نجات محیط زیست را بررسی می‌کند. موفقیت یا عدم توفیق در اجرای این برنامه‌ها به میزان همکاری نهاد‌های مرتبط و افزایش حضور جوانان و ایده‌های آن‌ها به این عرصه وابسته است.
