نمکی وزیر بهداشت در سال ۱۳۹۴ به معاونت امور اجتماعی و عمومی در سازمان برنامه و بودجه منصوب شد و به گفته خودش ۲۵ سال پیش از این تاریخ معاون بهداشت وزیر بهداشت بوده است.
وی همچنین معاون سابق محیط طبیعی سازمان حفاظت محیط زیست و همچنین مشاور عالی عیسی کلانتری در سازمان حفاظت از محیط زیست بود و در سابقه کاری نمکی وزیر جدید بهداشت مدیرعاملی چند شرکت دارویی به چشم می‌خورد.
وی در آخرین روز‌های دی ماه علت اصلی پذیرفتن سرپرستی وزارت بهداشت را استقرار نظام ارجاع و اجرای پزشک خانواده دانست.
نمکی با بیان اینکه تغییر نظام پرداخت از تکالیف قانونی در برنامه پنجم توسعه بود از غفلت در اجرای این طرح در برنامه ششم توسعه خبر داد.
پرونده الکترونیک سلامت هم از دیگر اهداف نمکی برای پذیرفتن سرپرستی وزارت بهداشت بود.
عضو هیئت علمی و متخصص ایمونولوژی پزشکی و مدیر گروه ایمونولوژی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
عضو کمیسیون قانونی آزمایشگاه‌های وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی در سال ۱۳۸۳
همکاری با جهاد سازندگی و راه اندازی کمیته بهداشت جهاد از سال ۱۳۵۸ و شرکت و حضور در جبهه‌های دفاع مقدس
عضو هیئت موسس انجمن پروتئومیکس بالینی، عضو انجمن علمی پیوند اعضاء و عضو انجمن ایمونولوژی و مدیریت شبکه بهداشت و درمان نطنز از ۱۳۶۵ تا ۱۳۶۶
ریاست دانشگاه علوم پزشکی کاشان از ۱۳۶۶ تا ۱۳۶۹
قائم مقام معاونت بهداشت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی ۱۳۶۹ تا ۱۳۷۰
معاونت بهداشت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی از ۱۳۷۰ تا ۱۳۷۲
رئیس کمیته کشوری بیماریهای ناشی از کمبود ید وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی
مدیر عامل شرکت داروسازی سبحان از ۱۳۷۹ تا ۱۳۸۱
مدیر عامل شرکت داروسازی تولید دارو از ۱۳۸۱ تا ۱۳۸۳
مدیر هلدینگ دارویی البرز و رئیس هیئت مدیره شرکت های دارویی و فرآورده های بیولوژیک از ۱۳۸۳ تا ۱۳۸۷
مدیر هلدینگ دارویی سازمان تامین اجتماعی تی پی کو از سال ۱۳۹۴ الی ۱۳۹۶
عضو گروه علوم دارویی فرهنگستان علوم پزشکی از ۱۳۷۲ تا ۱۳۸۴
عضو شورای توسعه آموزش پزشکی جامعه نگر وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی
رئیس کمیته پروتئومیکس بالینی فرهنگستان علوم پزشکی از ۱۳۸۰ تا ۱۳۸۴
معاون آموزش و پژوهش بنیاد امور بیماریهای خاص از ۱۳۹۲ تا ۱۳۹۴
مشاور عالی رئیس سازمان حفاظت محیط زیست
ریاست کمیته کشوری بهداشت حرفه ای و بهداشت محیط از ۱۳۷۰ تا ۱۳۷۲
عضو شورای پژوهشی دانشکده پیراپزشکی علوم پزشکی شهید بهشتی از ۱۳۸۵ تا به امروز
مشاور معاونت راهبردی و برنامه ریزی رئیس جمهور از ۱۳۹۲ تا به ۱۳۹۴
عضو شورای برنامه ریزی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی
عضو شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی کشور
عضو شورای سیاستگذاری تجهیزات پزشکی از سال ۱۳۸۰ الی ۱۳۸۴
عضو هیئت علمی نمونه در دو نوبت (سال ۱۳۸۴ و ۸۶)
عضو شورای تحصیلات تکمیلی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی از ۱۳۸۳ تا امروز
معاون توسعه امور عمومی و اجتماعی سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور از ۱۳۹۴ الی ۱۳۹۶
معاون امور علمی، فرهنگی و اجتماعی سازمان برنامه و بودجه کشور از سال ۱۳۹۶ تا ۱۳۹۷
