به عقیده کارشناسان بازارهای مالی، مادامی که فعالیت‌های زیرزمینی در کشور وجود دارد و اقتصاد پنهان سهم بالایی از کل اقتصاد را به خود اختصاص می‌دهد، حضور شرکت‌ها در بازار سرمایه کمکی به شفافیت در کل اقتصاد نمی‌کند. در حال‌حاضر این چالش در مجموعه بازار سرمایه مشهود است به‌طوری‌که فعالان حوزه بازار سهام نیز همین موضوع را مدنظر قرار می‌دهند. در این بین باید گفت یکی دیگر از چالش‌های موجود ترس از سیاست‌های مالی توسط دولت است. دولت سیاست‌های مالیاتی محکمی را در اختیار دارد که متاسفانه از عدالت مالیاتی برخوردار نیستند و به علاوه هنوز فرهنگ مالیات‌دهی در کشور جا نیفتاده است که همین موضوع مقاومت‌ها را افزایش می‌دهد. با این حال شرکت‌هایی که در بورس کالا یا بازار سهام حضور دارند از معافیت مالیاتی قابل‌ملاحظه‌ای برخوردارند.
طبق ماده 6 قانون توسعه ابزارهای مالی جدید، معادل 10 درصد از مالیات بر درآمد حاصل از فروش کالاهایی که در بورس‌های کالایی پذیرفته شده و به‌فروش می‌رسد و ده درصد از مالیات بر درآمد شرکت‌هایی که سهام آنها برای معامله در بورس‌های داخلی یا خارجی پذیرفته می‌شود و پنج درصد از مالیات بر درآمد شرکت‌هایی که سهام آنها برای معامله در بازار خارج از بورس داخلی یا خارجی پذیرفته می‌شود، از سال پذیرش تا سالی که از فهرست شرکت‌های پذیرفته شده در این بورس‌ها یا بازارها حذف نشده‌اند با تایید سازمان بورس و اوراق بهادار بخشوده می‌شود. شرکت‌هایی که سهام آنها برای معامله در بورس‌های داخلی یا خارجی یا بازارهای خارج از بورس داخلی یا خارجی پذیرفته می‌شوند. در صورتی که در پایان دوره مالی به تایید سازمان بورس و اوراق بهادار حداقل بیست درصد سهام شناور آزاد داشته باشند معادل دو‌برابر معافیت‌های فوق از بخشودگی مالیاتی برخوردار می‌شوند.
با این حال هنوز شرکت‌های تولیدکننده با تردیدهای زیادی مواجهند که این مساله مانع از رشد سهم بورس کالا در کل اقتصاد ملی شده و این در حالی است که بورس کالای ایران با توجه به تنوع ابزارها و محصولاتی که ارائه می‌کند در منطقه جزو بورس‌های پیشرو محسوب می‌شود و آنطور که سلطانی‌نژاد می‌گوید به‌جز بورس ترکیه و دوبی در حال‌حاضر رقیبی برای بورس کالای ایران وجود ندارد. در این بین باید به این نکته مهم اشاره کرد که بورس‌های کالایی در جهان در حال تبدیل‌شدن به بازارهای اصلی معاملاتی به‌خصوص در حوزه محصولات پایه هستند و این مساله حائز اهمیت است که ایران اندازه بازار کالای خود را تقویت کند که این مهم از طریق ورود شرکت‌های جدیدتر، محصولات متنوع‌تر و ابزارهای گسترده‌تر امکان‌پذیر خواهد بود.
در حال‌حاضر قراردادهای سلف، سلف موازی استاندارد، آتی، آپشن، گواهی سپرده کالایی، صندوق‌های کالایی و... با نظارت مستقیم بورس کالا در زمینه ایفای به تعهدات طرفین در بورس کالا وجود دارد. با این حال به‌عنوان مثال این ابزارها به‌طور کامل در مورد محصولات مختلف به بازی گرفته نشده است. کارشناسان به‌طور خاص می‌گویند قراردادهای آتی ظرفیت آن را دارد که در بسیاری از محصولات پایه از جمله فولاد، محصولات کشاورزی و محصولات پتروشیمی به‌کار گرفته شود، با این حال جز در موارد معدودی این قراردادها مورد استفاده قرار نگرفته‌اند که بخشی از این موضوع به مقاومت شرکت‌ها و کوچک بودن اندازه بازار مذکور برمی‌گردد.
در مورد سلف استاندارد اما آمارها نشان می‌دهند رشدهای بسیار خوبی در سال گذشته و امسال حاصل شده است. این موضوع به معنای آن است که هدایت نقدینگی به بخش تولید از کانال بورس کالا در حال تقویت شدن است. مدیر توسعه بازار مشتقه بورس کالای ایران در این بین معتقد است اوراق سلف موازی استاندارد که با هدف تامین منابع مالی و سرمایه در گردش در بخش تولید منتشر می‌شوند، تاثیر بسیار زیادی بر رفع مشکلات قراردادهای سلف داشته است. به عقیده ناصرپور، با انتشار این اوراق شرکت‌ها می‌توانند با فراهم‌آوردن امکان انجام معاملات ثانویه بر اوراق سلفی که منتشر کرده‌اند، بازار ثانویه‌ای برای سلف‌ها ایجاد کنند و از این طریق، امکان تامین مالی را از طریق انتشار اوراق سلف، تسهیل کنند.
در این بین یکی از مهم‌ترین موضوعات مبحث قیمت‌ها است. کارشناسان معتقدند بورس کالا با استفاده از مکانیزم تبعیت قیمت‌ها از بهای جهانی تا حد زیادی زمینه‌های تعادل در بازار داخلی و بین‌المللی را فراهم کرده است. به عقیده آنها با این حال هنوز بازار به‌صورت آزاد و رقابتی در ایران تعریف نشده و دولت و مسوولان دولتی بر تعیین قیمت اصرار دارند. در اقتصادهای بزرگ دنیا سیاست‌گذاران اقتصادی بر قیمت‌ها تسلطی ندارند و بازار رقابتی تعیین‌کننده قیمت کالاها است. این در شرایطی است که در ایران کوچک بودن بورس کالا در مقایسه با بازار آزاد به یکی از چالش‌های جدی تبدیل شده به‌طوری‌که ایجاد تعادل بین دو بازار از اهمیت بسیاری برخوردار است. در بورس‌های کالایی دنیا با احتساب معاملات آتی حجم بورس‌های کالایی از بازار آزاد بزرگتر است. با نگاهی به آمارها به‌عنوان‌مثال میزان مصرف فولاد در کشور نزدیک به 20 میلیون تن بوده، درحالی‌که در حدود 6 میلیون تن از این رقم در بورس کالا مورد معامله قرار گرفته است. این موضوع باعث تاثیرگذاری بازار آزاد بر معاملات بورس کالایی شده و جریان کالا را بین بازار متشکل کالا و بازار آزاد دستخوش تغییر و تحول می‌کند. این موضوع قابل تامل است که قیمت‌گذاری و محدودیت‌های نوسان قیمتی در بورس کالا باعث شده تولیدکنندگان نیز علاقه‌مند به عرضه محصولات خود در بازار آزاد باشند و یکی دیگر از دلایل بزرگ نشدن بورس کالا در ایران همین موضوع است.
در بورس‌های بزرگ دنیا محدودیت رقابت قیمتی در بورس‌های کالایی وجود ندارد و این در حالی است که در کشور ما این محدودیت وجود دارد. در دولت یازدهم یکی دیگر از محدودیت‌هایی که به عینه مشاهده کردیم، دخالت‌های دستوری در نحوه عرضه محصولات در این بازار بود. محصولات پتروشیمی به‌عنوان یک گروه بسیار مهم کالایی در اقتصاد ایران در 4 ساله دولت یازدهم بارها در دستور کار وزیر صنعت، معدن و تجارت قرار گرفت تا شاید اجبار به عرضه این دسته از محصولات در بورس کالا متوقف شود. این در حالی است که این محصول سال‌ها است در این بازار مورد معامله قرار می‌گیرد و یکی از بهترین تالارهای معاملاتی بورس کالا محسوب می‌شود.
در این زمینه کارشناسان و فعالان حوزه بازارهای پایه می‌گویند تا زمانی که سیاست‌گذاران نقش وکارکرد سازمان‌هایی همچون بورس کالا را در فضایی شفاف نپذیرند این سازمان‌ها با مشکلات و چالش‌های عمده‌ای روبه‌رو می‌شوند. سوال اینجاست که آیا نظام تصمیم‌گیری و سیاست‌گذاری حاضر است بابت شفاف‌سازی فرآیندها هزینه‌ای بپردازد یا نه؟ متاسفانه این نوع دخالت‌ها برای اقتصاد کشور نیز هزینه‌های زیادی بر جای می‌گذارند. در حال حاضر بخش زیادی از فعالیت بنگاه‌هایی که در حوزه محصولات پایه فعالیت می‌کنند در بورس کالا شفاف است، با این حال چالش‌های متعددی وجود دارد که مانع از تعمیم این شفافیت به کلیت این بخش می‌شود. به‌عنوان مثال بورس کالا توانایی آن را دارد در کنار همه اهرم‌هایی که در بازار داخلی و در زمینه تولیدات ملی به‌کار می‌گیرد واردات و صادرات محصولات پایه را نیز شفاف کند. در حال حاضر اگرچه رینگ صادراتی از وضعیت نسبتا خوبی برخوردار است اما به دلیل چالش‌هایی که در حوزه روابط بانکی، بازاریابی و حضور شرکت‌های خریدار خارجی در ایران وجود دارد این بازار نیز با ضعف‌های فراوانی روبه‌رو است. در بخش واردات نیز پتانسیل‌های بورس کالا برای ثبت و تامین مواد اولیه موردنیاز کشور بر اساس نیازهای واقعی بازار بسیار بالا است، با این حال هنوز این توانایی‌ها شکوفا نشده است. در یک کلام باید گفت هنوز یک گل از صد گل توانایی این بازار شکفته نشده و باید در این مسیر بسیار تلاش کرد. در حال حاضر در حوزه کالاهای وارداتی شفافیت لازم در زمینه شناسایی محصولات مورد نیاز، شناسایی میزان محصول مورد نیاز، تطابق واردات با تولید داخلی و... از هیچ کانالی به‌طور شفاف مقدور نیست با این حال بورس کالا و سامانه‌هایی که به خوبی قابل طراحی هستند، می‌توانند این شفافیت را ایجاد کنند.
