قرعه‌کشی مرحله سوم رقابت‌های جام حذفی فوتبال ایران در سال ۱۳۹۹-۱۴۰۰ برگزار شد و تیم‌های حاضر در این مرحله رقبای خود را شناختند. مهمترین اتفاق، ورود تیم‌های لیگ یکی از این مرحله به رقابت‌ها بود. قرار است تیم‌های لیگ برتری هم از مرحله بعدی به جام حذفی وارد شوند. برنامه مسابقات به شرح زیر است:
سه شنبه ۵ اسفند ۹۹
میلاد مهر تهران - اتحاد کامیاران- ساعت ۱۴- ورزشگاه شهدا اسلامشهر
پاس همدان - شهرداری بم- ساعت ۱۴- ورزشگاه حاجی بابایی همدان
شهرداری ماهشهر – شهرداری دو کوهه اندیمشک - ساعت ۱۴- ورزشگاه شهدا ماهشهر
چهارشنبه ۶ اسفند ۹۹
داماش پارسه تهران - سردار بوکان- ساعت ۱۴- ورزشگاه عطر سیب تهران
خیبر خرم آباد- شهید قندی یزد- ساعت ۱۴- ورزشگاه تختی خرم آباد
پنجشنبه ۷ اسفند ۹۹
گل ریحان البرز- مس نوین کرمان- ساعت ۱۴- ورزشگاه انقلاب کرج
قشقایی شیراز- فولاد نوین اهواز- ساعت ۱۴- ورزشگاه پارس شیراز
استقلال ملاثانی-بادران تهران- ساعت ۱۴- ورزشگاه تختی اهواز
مس کرمان-چوکا تالش- ساعت ۱۴- ورزشگاه امام علی (ع) کرمان
نود ارومیه-پارس جنوبی جم- ساعت ۱۴- ورزشگاه تختی ارومیه
ملوان بندر انزلی- رایکا بابل - ساعت ۱۴- ورزشگاه تختی بندر انزلی
ایرنا
