به نقل از خبرگزاری بحرین، وزارت کشور بحرین با بیان این که تابعیت بحرینی شیخ عیسی احمد قاسم لغو گردید، اعلام کرد، "وی از زمانی که تابعیت بحرینی را به دست آورد، تشکیلات وابسته به مرجعیت سیاسی دینی خارجی را تاسیس کرد".
وزارت کشور بحرین مدعی شده است که "شیخ عیسی قاسم نقش اساسی را در ایجاد فضای طائفه‌ای رادیکالی ایفا کرده و در راستای تقسیم جامعه بر اساس امور طائفه‌ای تلاش کرده است".
در بیانیه وزارت کشور بحرین ادعا شده است که "عیسی احمد قاسم از منبر دینی سوء استفاده کرد و مسائل سیاسی را وارد سخنرانی دینی نمود تا به منافع خارجی خدمت برساند و وی به طائفه‌گرائی و خشونت تحریک کرد و او آنچه را که به عنوان فرض دینی به مردم القا می‌کرده است، از سازمان‌های خارجی گرفته بوده است که با دولت بحرین خصومت دارند".
یکی از دیگر اتهام‌هایی که رژیم آل خلیفه متوجه شیخ عیسی قاسم کرده است، "جمع آوری غیرقانونی پول بوده است".
شیخ عیسی قاسم پدر معنوی انقلاب بحرین و عالی‌ترین روحانی شیعه در بحرین است که پیروان زیادی در این کشور و دیگر کشورهای عربی حوزه خلیج فارس دارد.
بحرین اخیرا شرایط را علیه مخالفان خود بسیار تشدید کرده است. از جمله این اقدامات رژیم آل خلیفه، انحلال جمعیت‌های الوفاق و الرساله و التوعیه الاسلامیه (آگاهی اسلامی) است. مدت بازداشت نبیل رجب، حقوقدان برجسته بحرینی و از مخالفان این کشور نیز به اتهام "اشاعه اخبار دروغین که می‌تواند به جایگاه کشور خدشه وارد کند" تمدید شده است. حمد بن عیسی آل خلیفه، پادشاه بحرین نیز قانون جدیدی را صادر کرده است که اجازه سخنرانی دینی را در کنار فعالیت سیاسی نمی‌دهد .
پیشتر عربستان حمایت خود را از تصمیمات دولت بحرین که اخیرا بزرگترین جمعیت‌های سیاسی و دینی در این کشور را هدف قرار داد، اعلام کرد.
